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上新 | 保姆级ATAC建库试剂盒,轻松carry表观建库

作者:翌圣生物科技(上海)股份有限公司 2024-01-26T00:00 (访问量:41983)

 

表观遗传学是指研究活性和非活性基因表现的遗传变化。变化的来源既可以是外在环境因素,也可以是内在因素,例如年龄和疾病。它通常用于诊断潜在疾病并防止其遗传给后代。IMARC Group的市场调研报告显示2022年全球表观遗传学市场规模达21亿美元,预计到2028年市场规模将达到51亿美元,2022-2028年复合年增长率(CAGR)为15.9%。

 

众多表观遗传研究技术中,ATAC-seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing)可谓独领风骚,自2015年问世以来,广受好评,且逐渐成为表观研究课题必选技术之一。

 

ATAC-seq介绍

ATAC-seq全称Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing,即利用转座酶研究染色质可进入性的高通量测序技术。多数基因组中的染色质都紧紧盘绕在细胞核内,但也有一些区域经染色质重塑后呈现出松散的状态,这部分无核小体的裸露DNA区域被称为开放染色质(open chromatin),而DNA复制和基因转录都发生在这些区域。 染色质的这种特性叫做染色质的易接近性(chromatin accessibility),通过研究细胞特定状态下开放的染色质区域可以在DNA水平上了解其转录调控。

 

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开放染色质区域:染色质是否呈疏松结构是决定转录功能的关键因素,该区域通常是一些顺式调控元件结合区域;

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此时Tn5酶利用空间位阻效应进行识别和切割,Tn5酶会优先整合到主动转录或高度超卷曲的DNA区域中(即染色质开放区域)。

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ATAC-seq技术应用

通过ATAC-seq可以获得丰富的表观遗传信息,包括开放染色质图谱、核小体定位、转录因子结合位点,并通过鉴定染色质开放区域中转录因子结合位点,分析得到转录因子及调控区域。

 

染色体开放性图谱绘制;

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胚胎发育表观遗传修饰;

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疾病潜在标志物的预测;

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肿瘤发生表观机制研究;

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肿瘤分型与微环境研究。

 

 

图.ATAC研究的开放区域中,DNA结合蛋白结合DNA后,影响下游基因的转录

 

 

ATAC建库试剂盒优势

 

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含lysis buffer(细胞核打孔);

· 含ATAC建库全套试剂,转座反应后的小片段专用纯化磁;

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含Digitonin和tween-20,增加细胞核通透性。

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ATAC建库试剂盒性能

 

 

图.100-10 w细胞投入量进行ATAC建库,结果一致性较高。

 

 

 

图:冻存细胞进行ATAC建库,结果一致性较高。
注:样本需要进行长期保存时,建议用液氮保存,-80℃冰箱保存时间不超过4周。

 

图:竞品试剂盒与翌圣ATAC试剂盒进行性能对比,从100-10w细胞,文库结果一致性较高,且文库测序结果一致(另外,100个细胞投入,翌圣结果优于竞品)

 

 

ATAC技术文章应用

01

ATAC开放性图谱绘制

Howard Y. Chang教授团队从癌症基因组图谱组织(TCGA)中选取23种癌症类型,410个肿瘤样品进行ATAC-seq分析,绘制了囊括23种人类癌症类型的796个全基因组染色质可接近性图谱,平均每种癌症类型中鉴定了近十万个染色质可接近性敏感位点,揭示了一系列与染色质可接近性有关的调控相互作用,这些相互作用可改变与癌症风险和治疗结果相关的基因表达。

 

The chromatin accessibility landscape of primary human cancers

图.410 个样本绘制23种癌症的染色质可及性图谱

02

ATAC在胚胎发育中的遗传修饰

文章联合ATAC-seq和RNA-seq检测了早期胚胎发育过程中各时期染色质结构开放区域的动态变化,发现不同时期的细胞开放区域的动态变化情况,并得到胚胎发育时期关键转录因子,绘制出了小鼠早期胚胎中全基因组易接近性染色质图谱。

 

The landscape of accessible chromatin in mammalian preimplantation embryos

 

图.小鼠着床前胚胎细胞染色质开放性可视图

 

翌圣生物ATAC建库试剂盒为即用型ATAC建库试剂盒,将样本提核后,按照说明书操作,无需其他试剂,即可构建ATAC文库。

 

简单且标准化,我们一直在努力!

 

 

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