福尔马林固定石蜡包埋（FFPE, Formalin-Fixed Paraffin-Embedded）是组织样本长期保存的金标准，广泛应用于病理学和临床研究。然而，这种处理方式也为蛋白质组学分析带来了显著挑战，尤其是在蛋白酶切效率方面。

一、福尔马林固定的化学本质及其对蛋白结构的影响

1、甲醛交联机制

福尔马林的主要成分是甲醛（formaldehyde），其作用机制是与蛋白质中的氨基酸残基（如赖氨酸、精氨酸、半胱氨酸）发生可逆或不可逆交联，形成甲叉桥（methylene bridge），这种交联结构极其稳定。

结果是：

• 蛋白质三维结构改变。
• 多肽链交联，形成高分子复合体。
• 抗原表位和酶切位点被遮蔽或结构改变。

2、对蛋白酶（尤其是胰蛋白酶）识别位点的影响

胰蛋白酶（Trypsin）偏好在赖氨酸（K）和精氨酸（R）之后切割。然而，当这些位点发生交联：

• 酶切位点可被化学修饰遮蔽。
• 蛋白质结构变性限制酶的空间进入。
• 胰酶活性下降或酶反应动力学受限。

二、福尔马林固定对蛋白酶切效率的典型影响

三、影响蛋白酶切效率的具体因素

1、固定时间与浓度

• 固定时间过长（>24小时）会显著增加交联密度。
• 高浓度福尔马林（>10%）造成更严重的修饰。
• 标准建议：中性缓冲福尔马林4%，固定6-24小时。

2、组织类型和密度

• 组织密度大 → 固定液渗透慢 → 固定不均匀。
• 固定过度/不足都影响后续酶切效果。

3、解交联（Antigen Retrieval）方法

• 高温修复（如95–100°C）+高pH缓冲液有助于断裂交联。
• 未充分解交联 → 酶无法有效作用于目标位点。

四、如何提高FFPE样本的蛋白酶切效率？

1、优化脱蜡与水化流程

• 建议使用石蜡溶剂（如二甲苯）完全脱蜡。
• 再通过梯度乙醇水化，恢复组织亲水性。
• 此步骤确保后续缓冲液与蛋白酶可充分渗透。

2、应用高温抗原修复（Heat-Induced Epitope Retrieval）

• 使用Tris-EDTA（pH 9.0）或Citrate buffer（pH 6.0）。
• 水浴或高压处理有助于部分打破交联桥。

3、使用辅助蛋白酶或酶混合物

• 蛋白酶K、胰酶+Lys-C组合等，可提升切割覆盖度。
• 百泰派克生物科技在多种酶协同消化方面已有成熟方案，适用于难切样本如FFPE。

4、延长消化时间，或采用多轮酶解策略

• 延长至12–24小时，或进行两轮连续酶切。
• 注意避免过度自解或非特异性降解。

五、质谱层面的优化思路

1、高灵敏度仪器平台支持

例如Orbitrap Exploris、timsTOF Pro等具备更高的肽段检出能力。百泰派克生物科技采用高分辨率质谱平台，可实现低丰度肽段的精准检测。

2、数据分析策略调整

• 增加交联修饰、非特异性切割的数据库搜索容错。
• 使用如MSFragger、Open-pFind等支持开放搜索的引擎。
• 定制FFPE特异修饰数据库有助于识别非典型肽段。

福尔马林固定虽保留了组织结构完整性，却极大影响蛋白酶切效率，给蛋白质组学分析带来挑战。理解其机制，优化前处理流程和酶解条件，是突破FFPE蛋白组学瓶颈的关键。在FFPE样本质谱分析领域，百泰派克生物科技已建立成熟的从脱蜡、蛋白提取、酶解到高分辨质谱分析的一体化流程，针对低效率酶切、修饰干扰等问题，提供高灵敏度、高重现性的解决方案，助力科研人员最大化挖掘临床样本中的蛋白质信息价值。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

>>点击了解更多优质服务项目